学校下设10个学院、5个学部，分别是：中医学院、中药学院、针灸学院、护理学院、人文管理学院、中医药工程学院、研究生院、国际教育学院、继续教育学院、中医药研究院，临床实训教学部、公共课教学部、实验教学部、社会科学部、体育部。